Anaconda, el despertar, narra la historia de un centro de investigación que tras varios experimentos pone la humanidad en peligro. Después de la repentina muerte de su prometida, Qin Yu está convencido de que Cass Corporation está involucrada de alguna manera en este trágico incidente y está decidido a encontrar la verdad así esto le cueste la vida. Por eso decide reservar un pasaje en el mismo crucero que el ex empleado de Cass, Jason, ha tomado.
